Created with Sketch.
import_contacts
View All Posts

Penelitian

Peneliti Kesehatan Mengolah Data Genetik Dan Membangun Bisnis Di Oracle Cloud

Sejak pengurutan pertama dari genom manusia pada tahun 2003, orang-orang di bidang medis telah bekerja menggunakan informasi genetik unik seseorang untuk menyesuaikan perawatan untuk penderitaan yang paling sulit, dari kanker ke demensia ke Parkinson, dan banyak lainnya. Dan itu mulai bekerja.

Tes genetik baru mencari mutasi pada DNA yang dapat mengungkapkan tumor sebelum tumbuh. Dan penargetan genetik dapat membuat terapi saat ini lebih efektif dengan membantu dokter memahami untuk siapa mereka akan bekerja dan untuk siapa mereka tidak bekerja. Misalnya, obat imunoterapi baru untuk kanker mungkin "bekerja sangat baik pada sekitar 20% orang," kata Richard Rendell, direktur pelaksana di Pengobatan Terapan Presisi. Perusahaannya sedang membantu klien membangun tes untuk menemukan 20% itu —membandingkan 80% lainnya untuk siapa itu tidak akan berhasil, dan menghemat puluhan atau bahkan ratusan ribu dolar yang biayanya satu putaran terapi.

Tak perlu dikatakan, dokter, pasien, dan perusahaan asuransi menginginkan lebih. Begitu banyak kelompok, dari ilmuwan universitas hingga perusahaan pemula hingga perusahaan farmasi besar sedang berupaya mengembangkan tes semacam itu. Tetapi jalan dari merancang tes genetik atau terapi untuk menggunakannya dalam membantu pasien adalah panjang dan curam, dengan salah satu hambatan pertama adalah kumpulan data yang terkandung dalam genom yang mereka coba pelajari. "Data DNA sangat besar," kata Rendell. “Kami memiliki potensi menghasilkan hampir satu terabyte per orang dari DNA mereka. Bergantung pada analisisnya, kumpulan data dapat mencapai petabyte hanya untuk 1.200 pasien. "

Rendell mendirikan Applied Precision Medicine pada tahun 2012 sebagai konsultan yang berfokus pada implementasi teknis yang diperlukan untuk menganalisis data tersebut dengan cepat, dan memberikan saran tentang cara membawa tes genetik atau perawatan ke pasar.

“Kami bekerja dengan orang-orang yang luar biasa cemerlang di bidang medis dan ilmiah, tetapi manajemen data skala besar dan membangun bisnis bukanlah keahlian mereka,” kata Rendell. “Mereka telah mengembangkan algoritme untuk bekerja dengan data genetik di lab mereka dan kemudian kami memasukkannya ke dalam infrastruktur tingkat klinis yang solid” untuk membangun bisnis yang layak. Itu melibatkan tim dan merancang jalur untuk membersihkan data dan menguji ide-ide mereka secara efektif, kemudian mendapatkan persetujuan dari badan pengatur seperti FDA, dan akhirnya membangun bisnis.

Untungnya, ketika sekuensing genom dan kemungkinan medisnya matang, teknologi lain juga telah matang. Layanan komputasi awan memungkinkan perusahaan atau universitas untuk dengan cepat mengakses daya komputasi yang diperlukan untuk menjalankan algoritme mereka atau menguji terapi mereka terhadap tiga miliar pasangan basa, seringkali sekitar 700GB data, dalam kode genetik setiap orang. 

Rendell sudah ada sejak awal. Pada awal 2000-an, ia bekerja sebagai arsitek TI: "Suatu hari saya mendapat telepon untuk mendukung data yang tampak aneh ini, yang semuanya ACG dan T, dan ada banyak sekali dari mereka." pengantar data genomiknya. Seiring waktu Rendell menumbuhkan keahlian dalam membantu organisasi ilmiah dan klinis meretas data mereka sambil belajar ketika dia pergi tentang tujuan dan perjuangan jangka panjang mereka, yang membawanya untuk memulai bisnisnya sendiri.

Kedokteran Presisi Terapan mulai menggunakan Amazon AWS untuk mengelola data ini untuk pelanggan klinis. Tetapi ia beralih ke Oracle Cloud karena, kata Rendell, bersama dengan pengalaman data Oracle selama bertahun-tahun dalam perawatan kesehatan, platformnya lebih dekat memetakan apa yang dibutuhkan untuk menumbuhkan bisnis, termasuk kepatuhan terhadap peraturan dan komersialisasi perawatan. Oracle Innovation Management Cloud dan Cloud Product Lifecycle Management Cloud "memberi kami kontrol yang lebih komprehensif, tidak hanya sistem manajemen kualitas," karena regulator ingin melihat siklus hidup total produk, katanya. Dan Oracle memiliki platform percobaan e-klinis terbaik dengan pembelian goBalto baru-baru ini , katanya. “Kami kemudian dapat memanfaatkan Oracle Cloud untuk Healthcare, ”Yang menyatukan ERP, keuangan, HCM, rantai pasokan, manajemen pasien, dan analitik.

"Kami dapat membantu pelanggan kami tidak hanya dengan penerapan terapi atau perangkat mereka, tetapi juga pengelolaannya di tingkat klinis dan komersial," kata Rendell. "Semua hal itu dapat kami sediakan hanya dengan memutar layanan-layanan itu di cloud Oracle."

Coba Oracle Cloud Platform Secara Gratis

Sering kali, basis data dan aplikasi Oracle adalah "yang sama dengan yang digunakan oleh pelanggan mereka — perusahaan farmasi, perusahaan perangkat medis besar -," katanya. "Itu memberi pelanggan kami kemampuan untuk mengatakan, 'Kami menggunakan Oracle, jadi akan sangat mudah bagi kami untuk melakukan kolaborasi,' dan itu membuka percakapan."

Semua Tentang Data

Tetapi pertama-tama klien harus mendapatkan data dengan benar.

Lebih mudah diucapkan daripada dilakukan. “Laboratorium patologi akan melakukan pengurutan sampel bio dan memuntahkan sejumlah besar data,” kata Rendell. Ini bisa XML, bisa JSON, bisa CSV, atau format file lebih dari 40-an khusus untuk genomik. "Dan itu bisa diformat dengan mengerikan, tetapi ada data genomik yang sangat penting di dalamnya." Bergantung pada apa yang dibutuhkan peneliti, data genetik bisa "dicampur dengan pendaftar lain atau data yang dihasilkan pasien, seperti yang dari perangkat jantung dan bahkan perangkat seluler Anda. "

Pada akhirnya, data inti harus bersih, dengan semua data sensitif diekstraksi dan disajikan dengan cara yang membantu peneliti menjawab pertanyaannya, dan kemudian membagikannya dengan percaya diri. "Setelah Anda mengumpulkan data itu, pertanyaannya adalah, bagaimana hal itu menjadi bukti dunia nyata bagi FDA dan pelanggan potensial dalam industri kesehatan?" Kata Rendell.

Salah satu teknologi dalam Oracle Cloud yang dibawa oleh Rendell dan timnya ke proyek-proyek terbaru mereka adalah Oracle Autonomous Database , sebuah teknologi basis data baru yang menyediakan, mengatur, mengamankan, dan mengatur skala yang diperlukan tanpa campur tangan manusia. "Ketika kita tidak menghabiskan waktu untuk semua hal itu, kita berinvestasi lebih banyak dalam bekerja bersama para peneliti dan dokter untuk meningkatkan kehidupan masyarakat," kata Rendell. Database otonom berarti lebih sedikit kesalahan manusia dalam pengaturan dasar dan manajemen database, yang mengarah pada "keamanan perangkat yang lebih baik, keamanan data pasien yang lebih baik," katanya.

Plus, database otonom Oracle “kuat. Ini akan diterima oleh pelanggan pelanggan kami, karena banyak dari mereka dibangun di atas Oracle. "Ini adalah contoh lain, katanya," begitu banyak alat di Oracle Cloud yang dapat kami putar. Kami hanya bisa menyalakannya dan bekerja untuk memberikan hasil. "

Rendell mengutip program kredit universal di Oracle Cloud sebagai cara yang bagus untuk dengan cepat mencoba aplikasi dan teknologi baru, karena dana dari anggaran tunggal dapat dialihkan ke layanan cloud Oracle yang diperlukan untuk suatu proyek; "Saya telah menggunakan program ini dalam enam bulan terakhir untuk melakukan pembuktian konsep."

Salah satu proyek baru yang ambisius untuk Rendell dan Applied Precision Medicine adalah untuk menyediakan platform berbagi data untuk industri penelitian genom — yang akan memberi para peneliti dan startup akses ke berton-ton data uji klinis yang dihasilkan oleh perusahaan farmasi besar dengan cara yang bermanfaat bagi keduanya , dan melindungi kekayaan intelektual masing-masing. “Perusahaan farmasi tidak mendapatkan akses ke kode sumber perusahaan yang lebih kecil, dan perusahaan yang lebih kecil tidak dapat mengunduh data percobaan, kata Rendell. “Itu semua terjadi di dalam platform” di Oracle Cloud.

“Ini adalah cara yang jauh lebih murah dan lebih mudah bagi perusahaan farmasi untuk berhubungan dan berbagi data dengan beberapa perusahaan baru ini,” katanya, yang “pada akhirnya akan menghasilkan obat yang lebih baik atau aplikasi obat yang lebih baik dan hasil yang lebih baik untuk lebih banyak orang-orang."

Dan itu, Rendell mengingatkan kita, adalah nama permainannya.

Sumber: forbes.com
Wahyudi Setiawan

Lecture and Entrepreneur

21
February 2019




Created with Sketch.
Created with Sketch.

Langganan info dari kami